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Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  48 lines
  1. **********************************************************************
  2. * Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site  *
  3. **********************************************************************
  4.  
  5. Serine and threonine  dehydratases [1,2]  are  functionally  and  structurally
  6. related pyridoxal-phosphate dependent enzymes:
  7.  
  8.  - L-Serine dehydratase (EC 4.2.1.13) and D-Serine  dehydratase  (EC 4.2.1.14)
  9.    catalyze the dehydratation of L-serine (respectively D-serine) into ammonia
  10.    and pyruvate.
  11.  - Threonine dehydratase  (EC 4.2.1.16) (TDH) catalyzes  the  dehydratation of
  12.    threonine into  alpha-ketobutarate  and  ammonia.  In Escherichia coli  and
  13.    other microorganisms,  two  classes  of  TDH  are  known  to  exist. One is
  14.    involved in  the  biosynthesis of isoleucine, the other in hydroxamino acid
  15.    catabolism.
  16.  
  17. Threonine synthase  (EC 4.2.99.2) is  also  a pyridoxal-phosphate  enzyme,  it
  18. catalyzes the  transformation of  homoserine-phosphate into threonine.  It has
  19. been shown [3] that  threonine  synthase  is  distantly related to the serine/
  20. threonine dehydratases.
  21.  
  22. In all these enzymes, the pyridoxal-phosphate group is  attached  to a  lysine
  23. residue.  The sequence around  this residue is sufficiently conserved to allow
  24. the derivation  of  a  pattern  specific  to serine/threonine dehydratases and
  25. threonine synthases.
  26.  
  27. -Consensus pattern: [DE]-x(4,5)-[STVG]-x-[AS]-[FYI]-K-[DLIFSA]-[RVMF]-[GA]-
  28.                     [LIVMGA]
  29.                     [The K is the pyridoxal-P attachment site]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  31.  for Corynebacterium glutamicum threonine synthase.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 4.
  33.  
  34. -Note: some   bacterial L-serine dehydratases - such as those from Escherichia
  35.  coli - are iron-sulfur proteins [4] and do not belong to this family.
  36.  
  37. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Ogawa H., Gomi T., Konishi K., Date T., Naakashima H., Nose K.,
  40.      Matsuda Y., Peraino C., Pitot H.C., Fujioka M.
  41.      J. Biol. Chem. 264:15818-15823(1989).
  42. [ 2] Datta P., Goss T.J., Omnaas J.R., Patil R.V.
  43.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:393-397(1987).
  44. [ 3] Parsot C.
  45.      EMBO J. 5:3013-3019(1986).
  46. [ 4] Grabowski R., Hofmeister A.E.M., Buckel W.
  47.      Trends Biochem. Sci. 18:297-300(1993).
  48.